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Congé de maladie du fonctionnaire

Vous êtes fonctionnaire et vous êtes malade ou avez été victime d'un accident non professionnel, ce qui vous met dans l'incapacité de travailler ? Vous pouvez être placé en congé de maladie par votre administration employeur sur présentation d'un arrêt de travail. Nous vous présentons les règles applicables au congé de maladie, selon votre fonction publique d'appartenance (État - FPE, territoriale - FPT, hospitalière - FPH).

FPE

Dans quel cas un fonctionnaire est-il placé en congé de maladie ?

    Si vous êtes en activité ou en détachement, vous pouvez être placé en congé de maladie (appelé auparavant  congé de malade ordinaire - CMO ) lorsque la maladie ou un accident survenu hors temps de travail vous met dans l'impossibilité d'exercer vos fonctions.

    Vous devez pour cela adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail.

    Arrêt de travail

    Pour être placé en congé de maladie, vous devez adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail dans les 48 heures qui suivent son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme.

    Cet avis d'arrêt de travail indique la durée probable de votre incapacité de travail.

    Vous devez transmettre à votre administration employeur les volets n°2 et 3 de l'avis d'arrêt de travail.

    Vous conservez le volet n°1. Ce volet doit être présenté au médecin agréé de l'administration, en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical.

    En cas de renouvellement de votre arrêt de travail, vous devez transmettre à votre administration votre prolongation dans le même délai de 48 heures suivant l'établissement de l'arrêt de travail.

    Non-respect du délai de 48 heures

    En cas de non-respect du délai de 48 heures, votre administration vous informe par courrier du retard constaté.

    Elle vous informe également que vous vous exposez à une réduction de votre rémunération en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant ce 1er envoi tardif. En effet, en cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail, la rémunération due entre la date d’établissement du nouvel arrêt de travail et la date de sa transmission est réduite de moitié.

    Le délai d'envoi de 48 heures peut être dépassé en cas d'hospitalisation.

    Et si vous êtes dans l'impossibilité de respecter le délai de 48 heures, hors hospitalisation, vous disposez de 8  jours suivant l'établissement de l'arrêt de travail pour justifier de cette impossibilité.

    Éléments de rémunération concernés par la réduction de moitié

    En cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail, la réduction de moitié de votre rémunération concerne votre traitement indiciaire brut et vos primes et indemnités.

    En revanche, les éléments de rémunération suivants continuent de vous être versés en totalité :

    • Indemnité de résidence

    • Supplément familial de traitement (SFT)

    • Prise en charge partielle du prix du titre d'abonnement aux transports en commun que vous utilisez pour vos déplacements entre votre domicile et votre lieu de travail

    • Avantages en nature

    • Remboursement de frais

    • Primes et indemnités liées au changement de résidence, à la primo-affectation, à la mobilité géographique et aux restructurations

    • Primes et indemnités liées à l'organisation du travail

    • Indemnités d'enseignement ou de jury et autres indemnités non directement liées à l'emploi

    • Part ou intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir

    • Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique.

Comment le fonctionnaire en congé de maladie est-il rémunéré ?

    Vous percevez 90 %  de votre traitement indiciaire brut pendant pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

    Les droits à  90 %  ou à  50 %  de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d'arrêt de travail, en fonction des jours d'arrêt à  90 %  ou à  50 %  déjà accordés au cours des 12 mois précédents.

    Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un jour de carence non rémunéré.

    Exemple

    Si vous êtes en arrêt de travail 3 mois du 20 mars au 17 juin 2025 inclus (90 jours calendaires), vous percevez  90 %  de votre traitement indiciaire pendant 89 jours (90 jours - 1 jour de carence) si vous n'avez pas déjà bénéficié de 3 mois d'arrêt rémunéré à  90 %  depuis le 21 mars 2024.

    Le jour de carence n'est pas rémunéré, mais est décompté comme un jour de congé rémunéré à  90 % .

    Si vous avez déjà bénéficié de 60 jours de congé de maladie rémunérés à  90 %  depuis le 21 mars 2024, vous avez droit à  90 %  de votre traitement indiciaire pendant 30 jours seulement.

    Vous percevez donc  90 %  de votre traitement indiciaire du 20 mars au 18 avril 2025 (30 jours calendaires). Toutefois, le 1er jour (le 20 mars) fait l'objet d'une retenue d'1/30e (jour de carence), mais il est décompté comme un jour rémunéré à  90 % .

    Et, à partir du 19 avril, vous êtes rémunéré à demi-traitement jusqu'à la fin de votre arrêt de travail.

    Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas lors du 2e arrêt de travail si vous n'avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

    Il en est ainsi :

    • Lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case  prolongation

    • Ou quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard

    • Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

    Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation, puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial.

    Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1er jour qui suit le dernier jour de votre arrêt de travail initial.

    Les autres éléments de rémunération sont versés dans les conditions suivantes :

    Rémunération du fonctionnaire d'État pendant un congé de maladie

    Éléments de rémunération

    Conditions de versement pendant 3 mois

    Conditions de versement pendant 9 mois

    Indemnité de résidence (IR)

    100 %

    100 %

    Supplément familial de traitement (SFT)

    100 %

    100 %

    Nouvelle bonification indiciaire (NBI)

    90 %

    50 %

    Primes et indemnités

    90 %

    50 %

Quels sont les effets du congé de maladie sur la carrière du fonctionnaire ?

Quelles sont les obligations du fonctionnaire pendant un congé de maladie ?

    Votre administration employeur peut vous soumettre à tout moment à une visite de contrôle par un médecin agréé.

    Vous êtes obligatoirement soumis à un examen de contrôle, par un médecin agréé, au moins 1 fois après 6 mois consécutifs de congé de maladie.

    Un médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste figurant sur une liste établie, dans chaque département, par le préfet, sur proposition de l’Agence régionale de santé, après avis du Conseil départemental de l’ordre des médecins. Un médecin agréé a notamment pour rôle d'effectuer les contre-visites et les expertises.

    En cas de refus de votre part de vous soumettre à ces examens, votre rémunération n'est plus versée.

    Si vous ou votre administration employeur contestez l'avis du médecin agréé, vous pouvez saisir le conseil médical.

Que se passe-t-il pour le fonctionnaire en fin de congé de maladie ?

    Reprise des fonctions ou inaptitude

    À la fin de votre congé de maladie, votre situation diffère selon que vous êtes apte ou non à reprendre vos fonctions antérieures :

    Apte à la reprise de vos fonctions antérieures

    Vous reprenez vos fonctions.

    Votre poste de travail peut éventuellement être adapté à votre état de santé si nécessaire.

    Si vous avez été placé en congé de maladie pendant 12 mois consécutifs, vous pouvez reprendre votre travail qu'après avis favorable du conseil médical.

    Pendant toute la durée de la procédure devant le conseil médical, vous êtes provisoirement placé en disponibilité d'office pour raison de santé.

    Pendant cette période de disponibilité d'office, vous percevez une indemnité égale au montant du traitement indiciaire et, éventuellement, des primes et indemnités que vous perceviez à la fin de votre congé de maladie.

    Cette indemnité vous est versée jusqu'à la date de la décision de reprise de service.

    Lorsque l'instruction de votre dossier par le conseil médical nécessite l'expertise d'un médecin agréé, vous devez vous soumettre à cet examen médial. En cas de refus de votre part, l'indemnité cesse de vous être versée.

    En cas de refus de rejoindre le ou les postes de travail qui vous sont proposés sans motif valable lié à votre état de santé, vous pouvez être licencié après avis de la commission administrative paritaire.

      Mise en congé de longue maladie (CLM)

      Si vous êtes atteint d’une pathologie pouvant donner lieu à un congé de longue maladie (CLM), vous pouvez demander à être placé en CLM en cours ou à la fin de vos droits à congé de maladie.

      Connaître les maladies ouvrant droit à un CLM

      Vous pouvez être placé en CLM si vous êtes atteint d'une maladie figurant sur une  liste fixée par arrêté .

      Cette liste n'est pas limitative : un CLM peut être accordé pour d'autres maladies après avis du conseil médical.

    Pour en savoir plus

    Services en ligne

    Textes de référence